贲门癌发生在胃和食管连接的贲门部，其病理改变和胃癌有相似之处，过去胃癌的组织发生学中，胃溃疡、胃息肉（腺瘤）及慢性萎缩性胃炎皆被认为是胃癌的癌前期病变。近年的研究发现上述几种情况发生癌变的机会很小。特别是在贲门部这三种情况比胃的其他部分更少发生。所以显然与贲门癌的组织发生关系不大。
    目前比较被承认的观点是贲门癌起源于贲门腺的颈部干细胞，因有多方向分化的潜能，可以形成具有贲门或腺上皮特点的腺癌。多数贲门癌的光镜、电镜和组化研究发现是混合型，是该观点的有力支持，不典型增生是贲门癌的癌前病变，它也是在上述与贲门癌发病有关的溃疡、息肉、萎缩性胃炎共有的关键病理过程。当他们发生不典型增生的改变时才可能癌变，其中结肠型化生多数具有不典型增生的性质。
贲门癌的大体分型
    1.早期  早期贲门癌大体形态与胃其他部位和食管的早期癌相似。可以简单分为三型：
    ①凹陷型：癌瘤部粘膜呈不规则的轻度凹陷，有少数为浅溃疡，与周围正常粘膜分界不明确，镜下分化常较差；
    ②隆起型：癌变部粘膜增厚粗糙，稍有隆起，部分表现为斑块、结节或息肉状，以高分化腺癌占多数；
    ③隐伏型：病变部粘膜颜色略深，质地略粗，此外大体无明显改变，经组织学检查始确诊，是3型中比较很早的形态。
    2.进展期  胃肠道分型一般沿用Borrman分型，其基本分类的蕈状、溃疡Ⅰ型、溃疡Ⅱ型与浸润型。我国作者据此对贲门癌分为4型。
    ①隆起型：肿瘤为边缘较清晰的向腔内隆起的肿块，呈菜花、结节巨块或息肉状，可有浅溃疡；
    ②局限溃疡型：肿瘤为深溃疡，边缘组织如围堤状隆起，切面与正常组织境界清晰；
    ③浸润溃疡型：溃疡之边缘不清晰，切面与周围组织分界不清；
    ④浸润型：肿瘤在贲门壁内浸润生长，受累处均匀增厚，与周围组织无界限，周围粘膜常呈放射状收缩。
    大体分型与组织学类型有关，①、②两型以高分化腺癌和粘液腺癌较多。浸润溃疡型中低分化腺癌及粘液腺癌的比例增多。浸润型则多数是低分化弥漫型的腺癌或粘液腺癌。外科治疗预后以隆起型很好，局限溃疡型第二，浸润溃疡型较差，浸润型很差。
    贲门腺癌的组织学类型主要有二类：腺癌与有明显粘液分泌的粘液腺癌。此二类又根据分化程度各自分为高分化、低分化和弥漫型三个亚型。分化程度之高低与手术预后关系密切。除了腺癌与粘液腺癌、贲门癌还有一些少见的组织学类型，如腺鳞癌、未分化癌、类癌（嗜银细胞癌）以及癌肉瘤等。

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