在国外有70%-90%的胆管癌与胆管结石同时存在，国内近年来报道二者同时存在率为观40%-86%，另外有资料证明在结石手术切除胆管后，可发现1.5%-6.3%有胆管癌存在；同时发现结石直径越大，发病率越高，结石直径＜20-22mm和直径＞30mm的发病率分别是直径小于10mm的2.4和10倍。moosa指出“隐性结石”在5－20年后有33%-50%可发生胆管癌，还有学者认为50岁以上的胆管结石患者中约6%-10%最终可发生胆管癌，有胆管结石者发生胆管癌的危险性较无胆管结石者高出6-15倍。在胆石症及慢性胆管炎中存在着各种类型粘膜上皮增生，而不典型增生是由单纯上皮增生演变而来。原位癌伴有不典型增生，从而推测胆管癌的发展过程是：胆石症／胆管炎→胆管粘膜上皮增生→部分不典型增生出现→轻者引起原位癌，重度不典型增生则引发浸润癌。此外研究证明在胆汁代谢过程中，鹅去氧胆酸的产物胆石酸为一致癌物质，胆管癌病人的胆石酸增加，同时也有人认为胆汁中的胆固醇和胆酸盐，在感染等因素的影响（特别是厌氧菌校形芽胞杆菌感染时），可演变成致癌物质如甲基胆直（methy loholanthrene）等。可能是刺激胆管粘膜产生癌症的原因之一。