松果体位于间脑的顶上方，主要分泌褪黑素（melatonin），其作用与脑垂体的黑色素细胞刺激素（MSH）相反，使两栖类皮肤色素变浅。松果体是神经内分泌的转换器，起“生物钟”的作用，并可能抑制性腺的活动。 松果体瘤按细胞形态学分类有多种，离开松果体而在漏斗附近的肿瘤称异位松果体瘤。