1．绝大多数输尿管上皮性仲瘤为恶性，即使良性的乳头状瘤，也有较多恶变的机会，所以对于对侧肾功能良好的病例，一般都主张根治性手术切除，切除范围包括该侧肾、全长输尿管及输尿管开口周围的一小部分膀胱壁，尤其强调输尿管开口部位膀胱壁的切除。
　　2．保守性手术治疗
　　(1)保守性手术的绝对指征：①伴有肾功能衰竭；②孤立肾；③双侧输尿管肿瘤。
　　(2)保守性手术的相对指征：①肿瘤很小，无周围浸润；②肿瘤有狭小的蒂或基底很小；③年龄较大的患者；④确定为良性输尿管肿瘤的患者。
　　3．双侧输尿管肿瘤的处理
　　(1)如果是双侧下l／3段输尿管肿瘤，可采取一次性手术方法，切除双侧病变，分别行输尿管膀胱再植术。
　　(2)双侧上l／3段输尿管仲瘤，采取双侧输尿管切除，双侧肾盏肠襻吻合术或双侧自体肾移植。
　　(3)一侧上段输尿管肿瘤，另一侧为下段输尿管肿瘤，视病变情况，根治病情严重的一侧，或作上段一侧的肾、输尿管及部分膀胱切除，另一侧作肠代输尿管或自体肾移植术。
　　4．激光治疗 在输尿管镜下对肿瘤进行激光治疗，技术要求高，价值有待评估。
　　5．化学治疗及放射治疗 晚期的输尿管肿瘤可采取放射治疗，效果欠满意。化学治疗见膀胱肿瘤章节。