1998年报道GIST中存在c-kit的基因突变，使其在无配体结合的情况下，KIT蛋白仍然能保持持续的自身酪氨酸蛋白激酶活性，从而激活下游的信号转导通路。目前认为kit的这种获得功能性的突变是GIST发生的重要机制。其中在kit基因编码近跨膜结构域的11号外显子中的突变最为常见，占50%～92%，此外在胞外结构域的9号外显子、激酶结构域的13号外显子和磷酸转移酶结构域的17号外显子的突变分别占8～13%、0～4%和0～4%。其中11号外显子的突变形式多样，包括框内缺失突变、点突变和框内串联重复（Identical Tandem Duplication ITD）插入突变。国内有关GIST分子检测的报道还很少，多集中在11号外显子突变，且样本量较小，突变率低，为30.8%（14/52）和41.5％（34/82），而未见9、13、17号外显子突变的报道。我们的60例GIST小样本研究显示其中38例（63.3％）检测到kit突变，均为CD117阳性：其中35例（58.3％）为11号外显子突变，2例（3.3％）为9号外显子突变，仅1例（1.7％）13号外显子突变，未检测到17号外显子的突变。进一步扩大样本100例GIST中68％检测到kit突变(未发表)。似乎9号外显子在我国GIST的突变率明显低于国外，因为有研究指出9号外显子属于较特殊的一种突变亚型，往往发生在胃外，生物学行为属高度侵袭危险性。我国的这种（原诊断为恶性）GIST比例明显高于国外，且发生在胃外的并不少见，国人GIST是否有不同的基因突变位点谱，需要进行大样本研究。

近来不少研究试图将突变比例与组织学特征和临床行为相联系，早期有一些报道进展期或高度侵袭危险性的GIST中突变多见，但目前多数报道提示基因突变情况与进展性行为有关的肿瘤大小、分裂相或分期等因素之间无明显相关性。国内相关文献均为高度侵袭危险性者突变常见，而我们的初步结果显示即使是因其它疾病偶然发现的直径小于1厘米的GIST中也有相当比例携带11号外显子突变，同Antonescu CR的结果一致。因此需要大样本进行统计分析，找寻我国GIST基因型与病理、临床特点间的规律，并进一步明确kit突变在GIST发生中的作用。

kit突变本身是否与病人的预后相关，目前尚无定论。有研究表明kit突变是一个生存的独立预后指标，即有突变者的5年生存率要低于无突变者。且有研究指出具11号外显子的点突变者较缺失和插入突变者生存率高。

伊马替尼的应用可明显改善病人的预后。已有资料证实kit突变的位置能影响GIST对伊马替尼的反应。一些体外和临床研究已表明突变在激酶位点的病例对抑制剂并不有效，如与肥大细胞增生症相关的激酶区D816V突变。幸好大多数kit突变都位于调控区即非酪氨酸激酶结构域，这就使抑制剂能有效地封闭酶位点。并且11号外显子有突变者与没有突变者和9号外显子突变者相比，对伊马替尼的部分缓解率（partial response rate）明显提高，平均生存期延长，病情进展缓慢。

同时亦有研究提示伊马替尼可以通过促进NK细胞活性等其他途径来起到和增强其抗肿瘤作用。即使是KIT低表达的GIST, 伊马替尼亦具有一定的治疗作用。

因此检测病人手术标本中c-kit基因突变的情况对判断伊马替尼应用的预后有重要意义。