GIST目前被认为是一种具有潜在恶性倾向的侵袭性肿瘤，其生物学行为不易预测。术后易复发。影响预后的因素主要有：（1）年龄，年轻患者预后差；（2）部位，食管GIST预后最好，其次是胃GIST，肠道GIST，网膜GIST，肠系膜GIST预后最差；（3）肿瘤大小与核分裂像，肿瘤越大，核分裂像越多，预后越差；（4）基因突变，有c－kit基因突变的GIST比无突变者预后差；（5）免疫组化表达，只有波形蛋白阳性表达的GIST预后较差。增殖标记PCNA，KI－67表达率高者预后差；（6）恶性度，低度恶性的GIST有50％复发，60％转移，高度恶性GIST有83％复发，全部发生转移。此外还有手术时肿瘤破裂、不完全手术、肿瘤浸润邻近器官、端粒酶阳性、肿瘤凝血性坏死、多细胞、多形性、DNA异倍体、p53、Ki－67、MIB－1增高等。