多数患者在服用甲磺酸伊马替尼期间会出现一些不良反应，但绝大多数属轻到中度。考虑到疾病本身也会产生症状，常难以明确他们的因果关系。临床试验过程中，因药物相关的不良反应而停药者，在α-干扰素治疗失败的慢粒慢性期患者中仅占1%，加速期中约占2%，慢粒急变期占5%。

最常见与药物治疗相关的不良事件有轻度恶心（50-60%），呕吐，腹泻、肌痛及肌痉挛，这些不良事件均容易处理。所有研究中均报告有浮肿和水潴留，发生率分别为47-59%和7-13%，其中严重者分别为1-3%和1-2%。大多数患者的浮肿表现为眶周和下肢浮肿，也有报告为胸水、腹水、肺水肿和体重迅速增加的，此时通常暂停药，用利尿剂或给予某些支持治疗。个别患者情况严重，甚至威胁生命。有1例慢粒急变患者因并发胸水、充血性心力衰竭和肾功能衰竭的复杂临床情况而死亡。这些不良反应的发生率与剂量有一定关系，多见于每天≥ (greater than or equal to) 600 mg时。

按系统器官分类及发生的频度，将不只是发生于个别患者的不良反应罗列如下。频度的定义为很常见>10%，常见>1%≤ (smaller than or equal to) 10%，偶见>0.1%≤ (smaller than or equal to) 1%，罕见>0.01%≤ (smaller than or equal to) 0.1%，非常罕见≤ (smaller than or equal to) 0.01%（CIOMS分类法）。

全身性异常：最常见水潴留（10%）和周身浮肿（两者共51%）；发热、疲劳、乏力、畏寒和体重增加也较常见；不适、出血和体重减轻较少见。

传染病/感染 ：败血症、肺炎、单纯疱疹、带状疱疹和上呼吸道感染较少见。

血液与淋巴系统异常：最常见中性粒细胞减少（14%）、血小板减少（14%）和贫血（11%）；其次为发热性中性粒细胞减少、全血细胞减少。

代谢和营养失衡：常见食欲不振；较少见脱水、高尿酸血症、低钾血症、高钾血症，低钠血症、食欲增加。

精神异常：抑郁症较少见。

神经系统异常：最常见头痛（11%）；其次为头晕、味觉障碍、感觉异常、失眠；出血性卒中、晕厥、周围神经病变、感觉减退、嗜唾、偏头痛等较少见。

眼异常：常见结膜炎、流泪增多；眼刺激症状、视力模糊、结膜出血、眼干、眶周浮肿等较少见。

耳和迷路异常：头晕较少见。

心脏异常：心力衰竭、肺水肿、心动过速等较少见。

血管异常：血肿、高血压、低血压、潮红、四肢发冷等较少见。

呼吸道、胸和纵隔异常:常见胸水、鼻衄。呼吸困难、咳嗽较少见。

消化系统异常：很常见 恶心（56%）、呕吐（33%）、腹泻（24%）、消化不良（12%）；其次为腹痛、腹胀、胀气、便秘、口干；较少见胃肠道出血、黑便、腹水、胃溃疡、胃炎、胃食道反流、口腔溃疡。

肝胆系统异常：黄疸、肝酶升高、高胆红质血症等较少见。

皮肤和皮下组织异常：常见周身浮肿（30%）、皮炎/湿疹/皮疹（共25%）；其次为脸肿、眶周肿、瘙痒、红皮症、皮肤干燥、脱发、盗汗。不常见瘀斑、多汗、荨麻疹、指甲断裂、光过敏反应、紫癜。

骨骼肌、结缔组织和骨异常：很常见肌痉挛、疼痛性肌痉挛（33%）、骨骼肌肉痛包括关节肿胀（25%）；不常见坐骨神经痛。

肾和泌尿系统异常：肾衰、肌酐升高等较少见。

生殖系和乳房异常：男性乳房女性化、乳房肿大、阴囊水肿等较少见。

实验室检查异常：所有研究均报告有血细胞减少，尤其是中性粒细胞和血小板减少，以≥ (greater than or equal to) 750 mg/日的大剂量时发生率为高（I期研究），然而血细胞减少的发生率也明显取决于病期，3或4度的中性粒细胞减少（ANC<1.0×109/L）和血小板减少（<50×109/L），在急变期和加速期发生率分别为58-62%和42-58%，相比之下在慢性期分别只有33%和17%，前者为后者的2-3倍。4度中性粒细胞减少（ANC<0.5×109/L）和血小板减少（<10×109/L）发生率分别只有8%和1%。中性粒细胞和血小板减少发生的中位数持续时间分别为2-3周和3-4周，仅少数病例需为此而长期停药。

严重的转氨酶或胆红质升高少见（<3%病例，常需减量或停药（中位数持续时间约为1周），只有不到0.5%患者由此而长期停药。有1例加速期患者死于急性肝功能衰竭，但该例患者尚不能排除大剂量扑热息痛与甲磺酸伊马替尼的药物相互反应的结果。