GIST的最终诊断仍有赖于CD117染色的确诊。CD117阴性细胞见于腹部软组织，包括消化道管壁的肥大细胞，肠系膜神经丛周围Cajal细胞和部分肌层组织中。GIST的CD117阳性特点是普遍的高表达，一般为胞质染色为主，可显示斑点样的“高尔基体”形式，类上皮GIST有膜染色，其他许多GIST则有核旁染色，梭型细胞肿瘤则有整个胞质染色。有研究发现一些胃类上皮样GIST CD117为不均匀或弱阳性。故目前多用CD117与GIST的另一种抗原CD34联合检测。