鼻咽癌的病因目前还不十分清楚，由于鼻咽部的鼻腔、口腔相通，容易受到外界环境的影响，如长期接触某些化学致癌物（农药、苯煤焦油、机油和级烟等），这些致癌物质直接刺激鼻粘膜，如广东人从小的时候就喜欢吃咸鱼、腌肉等。近年来发现鼻咽癌与一种疱疹病毒（ＥＢ病毒）肖很密切的关系，这是因为在大多数患者有鼻咽癌的病人血清中含有高效价的抗ＥＢ病毒的抗体。其致癌的机理尚不明确。据调查遗传因素，在鼻咽癌的发病率上起到一定的作用，有的患乾的兄弟、姐妹或父母也患鼻咽癌，亦有挛生兄弟相继患鼻咽癌。