随着医学技术的不断发展，癌症的发病的可能却在逐年增加，其治疗方法也层出不穷，乳腺癌的干细胞模型对乳腺癌肿瘤的治疗具有重要的意义。大多数传统的乳腺癌治疗的靶点为正在增殖的细胞，虽然可以消除大量乳腺癌肿瘤细胞，但可能忽略了相对静止的干细胞。如果治疗作用的靶点在干细胞（样细胞）中不存在，目前的治疗策略可能是无效的。在此情况下，无论普通乳腺癌肿瘤细胞怎样被减少，乳腺癌肿瘤都会重新生长。
    由于高表达Bcl-2家族和转运蛋白BCRP和MDR，干细胞比分化细胞对凋亡更具抵抗性。当正常干细胞向乳腺癌肿瘤干细胞转化时，如果这些特征得以继承，则对传统的化疗方案会产生抵抗，并传输给下一代乳腺癌肿瘤细胞。同样，乳腺干细胞也比分化癌症细胞对普通治疗耐受。这可以解释临床化疗可以使乳腺癌肿瘤减小，甚至消退，但仍出现复发和转移是由于干细胞未出现凋亡的原因。
    近，研究者使用mRNA标记的方法，发现表达11个干细胞样特征的乳腺癌患者有更差的预后。相反，以癌症干细胞或干细胞样细胞为目标则具有另外的优势，可以依据乳腺癌干细胞的特征进行治疗。然而，即使有药物具有相对的干细胞特异性，显现临床反应的速度也可能较慢。作用于分化较好的乳腺癌肿瘤细胞的药物，其临床反应需要几天到几周；而对于癌症干细胞，其临床效果的出现也许需要几个月甚至几年。另一个考虑是安全性，如导致正常干细胞功能丢失。此外，加强检测其延迟性毒性也是必需的。
    另外，如果乳腺干细胞是癌症转化的靶点，那么存在将抗干细胞治疗进行预防的可能性。对危险人群中的绝经后女性（甚至更年轻的女性），抗乳腺干细胞治疗肯定可以减少或根除乳腺癌易感细胞群，因此减少癌症的发生的可能。
    即使乳腺乳腺癌肿瘤干细胞不来自于成熟乳腺上皮干细胞而来源于已分化细胞，也不存在问题。因为恶性细胞仍然有正常乳腺上皮干细胞的表现型特征，乳腺癌肿瘤进展时会出现返祖，导致出现干细胞样细胞的生物学行为。在此情况下，正常乳腺干细胞的表现特征仍然是乳腺癌临床治疗的重要参考依据。
 

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