以X线、CT、B超为代表的影像学检查可以将人体各部位包括各个断层面成像，为临床提供诊断依据，这固然是特长。但它也有个明显缺点，即通过体表成像，不能钻入体腔内去摄片。内窥镜的发明和发展，解决了上述缺点，使人们可以通过内窥镜直接观察人体器官的内腔情况，并可进行摄片、录象等，甚至可以在直视下切除小肿瘤。这些特点是医学影像诊断不可比拟的优势。
现在临床上使用较多的内窥镜有以下几类：1）食管镜、胃镜、十二直肠镜；用于检查食管癌、胃癌和十二直肠癌。在十二直肠镜下造影还可以检查胰腺和胆道系统肿瘤。2）结肠镜：用于检查直肠、结肠的肿瘤，可对早期息肉癌变，镜下电切除治疗。3）膀胱镜：用于膀胱肿瘤检查。4）鼻喉镜、纤维支气管镜：用于鼻、咽、喉、气管、支气管肿瘤的检查。5）纵隔镜：用于检查纵隔肿瘤、肺癌及食管癌纵隔转移等。6）腹腔镜：用于腹腔及盆腔脏器的肿瘤或腹腔淋巴结转移等情况。7）其它：还有阴道镜、关节腔镜也在临床广泛应用。
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