肝门部胆管癌的治疗目前来说是以手术为主的，目前肝门部胆管癌选择的完全医治性切除是其有效治疗方式，完全医治性切除的定义是指病理证实手术切缘或其他部位无残癌。经过二十几年对肝门部胆管癌完全医治性切除的探索，临床上已经形成了系列化的完全医治性手术方式。
    首先是肝十二指肠韧带的“骨骼化切除”，其次是联合肝方叶、肝尾状叶和肝门部血管的肿块整体切除，之后是肝左叶或肝右叶的规范性切除，是扩大的左三叶、右三叶肝切除以及肝移植。从目前的情况来看，肝门部胆管癌扩大完全医治性切除的范围已到了极限，是否仍然有提高治疗结果的方法有待广大外科医师的共同探讨和研究。许多研究提示，肝门部胆管癌的转移方式通过神经途径转移者多于血管和淋巴途径转移者。黄志强院士报道68例整体肿块切除的术后病理观察，神经浸润为91.2%,而淋巴侵犯只见27.9%,二者间并无相关关系，故认为神经侵犯是肝门部胆管癌转移中的“独立事件”。之所以称为“独立事件”，说明它和普通肿瘤转移浸润的规律是不一样的，普通肿瘤转移浸润的规律是沿淋巴和血行转移为主，完全医治性切除主要是清除局部的淋巴网和淋巴结。
    而肝门部胆管癌转移浸润很可能是以神经途径为主，且肝门部神经主要沿肝动脉分布，这就给医疗工作者提出了新的课题即如何解决对受侵肝动脉手术切除的决策问题。肝脏供血70%来自于门静脉，30%来自于肝动脉，紧急状态下结扎肝动脉对肝功能影响不大，但胆管的血供主要来自于肝动脉，切除肝外胆管后要行高位胆肠吻合，此时主要考虑的是如何保证胆管残端的血供问题，所以大部分外科医生多以切除肝动脉鞘保留肝动脉来达到完全医治性切除的目的，此时的肝动脉壁是否有癌细胞残留却不得而知。而肝动脉相对较细，Ⅱ级血管的变异较多，断端吻合难度较大，术后易行成狭窄和血栓，所以给肝动脉切除带来很大困难。
    目前解决此问题有两种方法，一是术中对已切除的且高度怀疑有浸润的肝动脉鞘行快速病理检查，如证实有浸润，则必需行肝动脉切除，断端吻合或人工血管替代;二是试行对受侵的肝动脉连同肿块一起切除，后施以限制性门静脉动脉化，即将动脉端口接到门静脉壁上。目前门静脉动脉化的研究在动物实验上已取得良好的结果，并部分用于临床，但还有许多问题有待于多中心大样本的临床实验来解决。

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